Les silences sont positionnés à la position rythmique correspondant au début de leur durée, et non au milieu des temps car il serait alors moins facile de déterminer où commence et où se termine un silence. Les silences sont alignés sur les autres éléments situés sur la même position rythmique.
La seule exception à cette règle est le silence d’une mesure, qui est positionné au centre de la mesure. Ce silence est ainsi plus facile à distinguer des demi-pauses et des pauses qui sont suivies de notes dans la mesure.
Les silences sont inscrits sur la portée dans la mesure du possible. Ils ne sont pas placés au-dessus ou en dessous de la portée quand les notes qui les entourent sont placées très haut ou très bas.
Cependant, sur les portées à plusieurs voix, les silences sont placés soit plus haut sur la portée ou au-dessus de celle-ci pour les voix à hampes montantes, soit plus bas sur la portée ou en dessous de celle-ci pour les voix à hampes descendantes.
Le positionnement vertical précis des silences est limité car leurs formes détaillées nécessitent des positions spécifiques par rapport aux lignes et aux espaces de la portée.